No hace falta usar el mod, solo tenes que subir la parte del codigo al archivo index.template.php respetando la sintaxis de PHP.
Para que solo les aparezca a ciertos usuarios basta con hacer un if verificando la condicion.
Fue lo que hice, pero no me resulto, no me aparece el chat, deje el archivo index.template.pho adjunto por si lo puedes revisar, por favor amigo, así esta el código.
// The main sub template above the content.
function template_html_above()
{
global $context, $settings, $options, $scripturl, $txt, $modSettings;
if ($context['user']['is_logged'])
echo '<!-- Envolve Chat -->
<script type="text/javascript">
var envoSn=43408;
var envProtoType = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://" : "http://");
document.write(unescape("<script src=\'" envProtoType "d.envolve.com/env.nocache.js\' type=\'text/javascript\'></script>';
// Show right to left and the character set for ease of translating.
echo '<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"', $context['right_to_left'] ? ' dir="rtl"' : '', '>
<head>';